在建设工程领域，发包人与承包人常在施工合同中约定以“政府审计结论”作为结算依据，该约定旨在工程项目竣工结算时，将政府审计机关出具的审计结论，作为确定最终结算金额、款项支付等结算行为的依据。但是，司法实践中关于该结算条款的争议屡见不鲜，本文拟结合相关法律文件及具体案例对该条款如何理解与适用展开探讨，以期为政府投资建设工程中发承包双方防范相应法律风险提供借鉴。
现行法律文件对以“政府审计结论”作为结算依据的相关规定
2001年4月2日，最高人民法院《关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》（[2001]民一他字第2号）指出，审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。根据该答复意见，在合同明确约定以“政府审计结论”作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，“政府审计结论”可以作为结算工程价款的依据。
然而，在“合同约定不明确、合同约定无效的情况下”，将“政府审计结论”作为工程价款结算的依据是不合理的，最高人民法院在之后发布的法律文件中对此进行了修正，认为以“政府审计结论”为准的前提是合同中有明确约定，即“只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。”
例如，2008年5月16日，最高人民法院《关于人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题的答复》（[2008]民一他字第4号）明确：“……建设合同中明确约定以财政投资的审核结论作为结算依据的，审核结论应当作为结算的依据。”
再如，《2015年全国民事审判工作会议纪要》提到：“依法有效的建设工程施工合同，除合同另有约定，当事人请求以审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论作为工程价款结算依据的，一般不予支持。”
又如，2020年12月29日，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第19条第1款规定：“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程款。”
从上述司法解释和最高院指导意见可以看出，最高院对“以政府审计为准”条款的适用有着明确的态度，若要以“政府审计结论”作为工程价款结算的依据，必须在合同中明确约定。
2015年3月16日，四川省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》第17条规定：“政府投资的建设工程施工合同结算纠纷，发包人主张以政府审计部门审计结论作为工程造价结算依据的原则上不予支持，但当事人在合同中有明确约定的除外。”
2017年7月19日，广东省高级人民法院《关于审理建设工程合同纠纷案件疑难问题的解答》第11条规定：“当事人约定以财政、审计等部门的审核、审计结论作为工程款结算依据的，按照约定处理。”
2018年6月12日，江苏省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第10条规定：“当事人约定以行政审计、财政评审作为工程款结算依据的，按照约定处理。”
2020年11月5日，山东省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第3条规定：“政府投资和以政府投资为主的建设项目，合同约定以行政审计、财政评审作为工程款结算依据的，按照约定处理。”
2023年12月19日，河南省高级人民法院《关于建设工程合同纠纷案件疑难问题的解答》17问：“合同约定以审计为结算依据，在当事人起诉时尚未审计的，能否对工程造价进行鉴定？”答：“双方施工合同约定以审计为结算依据的，对双方当事人具有约束力。但是，如果因发包人原因未进行审计或者发包人怠于履行合同约定配合审计义务，导致未能审计或者未能完成审计的，承包人可以起诉通过工程造价鉴定进行工程价款结算。”
从各省高院对建设工程合同纠纷案件的问题解答可以看出，各省高院基本也都认为只有建设工程合同中有明确约定，才能将“政府审计结论”作为工程价款最终结算依据。
我国现行法律文件对“政府审计结论”能否作为工程价款结算依据的问题，通过最高人民法院及地方高院的系列规定，逐步形成了统一且明确的裁判规则，其核心在于尊重合同约定、限制行政干预民事合同关系。这一规则体系的形成，体现了司法机关对“意思自治”原则的充分尊重，以及对建设工程领域民事法律关系独立性的维护。
司法实践中对以“政府审计结论”作为工程结算依据的裁判规则
由于建设工程项目周期长的特殊性，从招投标环节到完成结算期间发承包双方均可以达成审计合意，因此不止在建设工程施工合同中可以约定审计，在招投标文件、补充协议、会议纪要、工程联系函、结算书等各类往来文件中均可以约定以“政府审计结论”作为结算依据。
1. 施工合同中明确约定审计，但通用条款及专用条款部分另有约定
案例：湖南建工集团有限公司、北京师范大学大同附属中学校建设工程施工合同纠纷二审案
• 审理法院：最高人民法院
• 案号：（2018）最高法民终293号
• 裁判观点：建设工程施工合同关系中，施工方施工并交付工程，发包方支付工程价款，是各自的主要合同义务，一般情况下，双方当事人对结算需有明确约定，工程价款结算应当依照法律规定和合同约定进行。本案中，湖南建工和北师大大同附中签订的《建设工程施工合同》合法有效，双方虽然在该合同的合同协议书部分约定“合同价款具体以大同市财政评审中心审定金额为准”，但在合同通用条款和专用条款部分，均有关于竣工结算的明确约定。其中专用条款约定:“承包人应按照本合同通用条款的约定提交竣工验收报告、竣工结算报告及完整的结算资料；发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后，应按通用条款约定期限进行核实，给予确认或者提出修改意见。如发包人在约定期限内对结算报告及资料没有提出意见，则视同完全认可。双方如有争议，应在上述约定时间内先确认无争议部分的结算，同时协商解决有争议部分的结算;有争议部分的结算如协商不成可按专用条款中争议条款的约定方式解决”，并无由大同市财政评审中心审定进行结算的内容。因此，北师大大同附中认为前述合同协议书部分约定的合同价款即为结算价款，财政评审中心审定价格为工程结算依据，据理不足。按照上述《建设工程施工合同》专用条款部分关于竣工结算的约定，北师大大同附中在收到湖南建工报送的《大同市第十六中学校结算书》后应及时进行审查确认。但从项目招投标、签订合同、进程款支付等情况来看，北师大大同附中本身并不具备对结算书进行审核的的专业能力，虽然该校校长在结算书上签字盖章，但并不能认为该校对结算书已予以认可。故双方当事人就工程价款结算实际并未达成一致。根据上述“有争议部分的结算如协商不成可按专用条款争议条款的约定方式解决”的约定，即工程价款结算可由地方政府调解或诉至人民法院解决争议，现湖南建工已起诉请求支付工程款，人民法院应对案涉工程价款结算的实际数额予以查清。一审判决认为应当以财政评审中心审定金额为结算依据，又以湖南建工提交的证据不足以证明结算书的结算价款比预估投资实际增加了135155819.8元为由，径行驳回湖南建工的诉讼请求，认定基本事实不清。本案重审时，如双方当事人在现有结算资料基础上仍对工程价款无法达成一致，应当向双方当事人释明是否需要委托司法鉴定或者审计，以确认应支付工程价款的具体数额。
案例：广州市少年宫、广东省建筑科学研究院集团股份有限公司建设工程施工合同纠纷再审案
• 审理法院：广东省高级人民法院
• 案号：（2019）粤民申12678号
• 裁判观点：关于涉案工程最终结算依据问题。2009年8月20日涉案工程质量验收合格，化州建筑公司在2010年8月3日已申请结算并提交竣工材料，省建筑科学研究公司和市少年宫亦确认涉案工程初审的造价金额。《建设工程施工合同》未约定涉案工程结算必须经过财政投资评定审核，而《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》中虽约定“工程结算按原合同的有关约定执行，以广州市财政投资评审中心审定为准”，但鉴于《建设工程施工合同》为中标合同，故应当以经过招投标程序确定的《建设工程施工合同》相关约定为准。在未有证据证实化州建筑公司对该造价提出异议，且《建设工程施工合同》亦无约定将财政投资评审结论作为最终结算依据的情况下，一、二审法院以双方确认的涉案工程初审造价金额进行结算，并无不当。市少年宫、省建筑科学研究公司主张应按照财政投资评审结论来确定涉案工程结算价款，市少年宫还为此提交(2019)粤0104民初6576号民事判决作为新证据，但(2019)粤01民终21324号生效民事判决对该判决已作出改判，明确涉案工程款不以财政投资评审结论作为最终结算依据，故市少年宫、省建筑科学研究公司的主张均缺乏事实和法律依据。
3. 委托函、会议纪要、承诺书等往来函件明确约定审计，而施工合同中无约定
案例：重庆泰洋某公司、重庆市碚城某公司建设工程施工合同纠纷民事申请再审案
• 审理法院：最高人民法院
• 案号：（2023）最高法民申3338号
• 裁判观点：因泰洋公司仅具备房地产开发二级资质，不具备建设工程施工资质，其与碚城公司签订的《代建合同》无效，但泰洋公司施工建设的案涉工程已经竣工验收合格，泰洋公司有权要求碚城公司参照合同约定支付工程款。《代建合同》虽未约定以审计结论作为工程款的结算依据，但在双方参与签署的《会议纪要一》《会议纪要二》及泰洋公司出具的《承诺书》《委托书》《委托函》《代付委托函》中，泰洋公司明确表示以审计机关的审计结论作为工程款结算依据，即双方对工程款结算达成了以审计结论作为结算依据的一致意思表示。明科公司根据碚城公司、北碚区审计局委托进行的跟踪审计只是对案涉工程造价的初审，并非北碚区审计局最终的审计结论，明科公司作出的审计意见不能作为结算依据。在北碚区审计局审计过程中，泰洋公司参与了审计取证及相关会议并充分发表了意见。北碚区审计局出具审计意见后，还针对泰洋公司提出的异议，与碚城公司、泰洋公司进行了沟通，并形成了《北碚区天府煤矿棚户区改造工程代建合同部分竣工结算审计沟通会议纪要》(以下简称《审计沟通会议纪要》)。二审法院以北碚区审计局出具的审计报告作为案涉工程款的结算依据，并无不当。
（二）对以“政府审计结论”作为结算依据的约定不明确
在建设工程合同纠纷中，即便合同提及审计相关内容，若条款表述模糊、未明确约定以审计结论作为结算前提或具体程序，司法机关通常认定此类约定不构成“明确约定”，进而排除审计结论的强制适用。
案例：南方医科大学、广东迅兴建设工程有限公司建设工程施工合同纠纷再审案
• 审理法院：广东省高级人民法院
• 案号：（2020）粤民申9311号
• 裁判观点：再审申请人引用涉案情工程合同专用条款67.8条的规定，主张涉案工程的结算应以广东省财政厅投资审核中心的财政评审结算作为依据。本院认为，第一，从涉案工程的结算来看，经查，2011年7月28日，双方当事人及有关的工程造价机构共同签署《工程结算文件》，确认案涉工程最终结算金额为46982865.37元，即双方当事人已经对涉案工程进行了结算，并确认了结算的结论。第二，从涉案工程合同的约定来看，涉案工程合同中仅载明“发包人审计部门审核后并报区建设市场管理站审定后结算”，并无明确约定双方当事人以广东省财政厅的审核结论作为南方医科大学支付工程款的前提条件。即使迅兴公司在结算后仍配合南方医科大学向广东省财政厅提交相关的工程结算资料，亦不能就此认定双方就合同条款的变更达成了合意。第三，从当前有关部门的规定来看，2020年2月26日住房和城乡建设办公厅发布《住房和城乡建设部办公厅关于加强新冠肺炎疫情防控有序推动企业开复工工作的通知》（建办市【2020】5号）第（七）条明确规定：“切实减轻企业资金负担。加快清理政府部门和国有企业拖欠民营企业账款，建立和完善防范拖欠长效机制，严禁政府和国有投资工程以各种方式要求企业带资承包，建设单位要按照合同约定按时足额支付工程款，避免形成新的拖欠。规范工程价款结算，政府和国有投资工程不得以审计机关的审计结论作为工程结算依据，建设单位不得以未完成决算审计为由，拒绝或拖延办理工程结算和工程款支付。”综上，南方医科大学的主张理据不足，原审判决对此不予采纳并无不当。
案例：广州市黄埔建筑工程总公司、广东省建筑科学研究院集团股份有限公司建设工程施工合同纠纷二审案
• 审理法院：广州市中级人民法院
• 案号：（2019）粤01民终21324号
• 裁判观点：案涉工程总金额应否以广州市财政投资评审中心审定为准，关键在于各方两处约定的内容：其一，案涉《建筑工程施工合同》约定：“因受财政拨款控制，在发包人完成各项支付手续报财政审批后，审批导致支付时间延长时，不应属发包人违约”；其二，案涉《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》约定：“本工程实际完成工程量根据施工图纸，经建设项目监理单位及甲方审核确认为准，工程结算按原合同的有关规定，以广州市财政投资评审中心审定为准。”首先，案涉《建筑工程施工合同》的上述约定针对的是工程款支付事项，而非工程款结算事项，因此该约定不应理解为案涉工程结算必须经过财政投资评定审核；其次，鉴于案涉《建筑工程施工合同》没有约定工程结算必须经过财政投资评定审核，故案涉《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》中“工程结算按原合同的有关规定，以广州市财政投资评审中心审定为准”的约定自相矛盾，工程结算到底应否以财政评审为准出现歧义。《中华人民共和国合同法》第四十一条规定：“对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。”根据本院（2019）粤01民终5627号民事判决查明的事实，省建筑公司与案外人广东省化州市建筑工程总公司在2008年签订的《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》也约定了“本工程实际完成工程量根据施工图纸，经建设项目监理单位及甲方审核确认为准，工程结算按原合同的有关规定，以广州市财政投资评审中心审定为准”，与案涉《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》的约定完全相同，可见《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》的条款是省建设公司提供的格式条款，对该格式条款的理解发生争议的，理应作出对提供格式条款一方即省建筑公司不利的解释，因此案涉《广州蓓蕾剧院改造工程补充协议》的上述约定不能作为案涉工程结算必须经过财政评审的依据。《广州蓓蕾剧院改造工程结算汇总表》由三方盖章确认，应视为各方对案涉工程款进行结算，案涉工程款总金额应以该汇总表确定的金额11959699.16元为准。
（三）虽然合同明确约定审计，但仍不能以“政府审计结论”作为判决（裁决）依据
1. 明确约定以“政府审计结论”作为结算依据，但长期未审计
虽然合同明确约定以“政府审计结论”作为结算依据，但在实践中也常出现长期不审计的情况，其中发包人消极对待审计流程和审计部门无正当理由长期未出审计结论的情况尤为常见。
（1）发包人拒绝接收审计资料、久拖不审导致审计不能
案例：陕西太白山投资集团有限公司、江西省中业景观工程安装有限公司建设工程施工合同纠纷案
• 审理法院：最高人民法院
• 案号：(2021)最高法民申1175号
• 裁判观点：原审判决认定工程款支付条件已经成就的事实是否有误的问题。原审法院业已查明，投资公司、中业公司、生态公司三方当事人于2014年1月19日签订《陕西省建设工程施工合同》后，中业公司开始施工，设计单位、监理单位及施工单位于2014年4月26日在工程竣工验收申请报告书上加盖公章。在案涉工程项目已经投入使用至今长达六年，建设方中业公司仍未能得到工程款的情形下，一审法院结合陕西正大项目管理咨询有限公司于2019年12月19日出具的陕正咨（2019）造价鉴定第1240号工程造价鉴定意见书确定的案涉工程总造价，确认案涉工程款为19442745.28元。投资公司并未提交证据证明系中业公司的原因导致付款条件不能成就，故原审判决由投资公司承担审计不能并承担支付工程款责任并无不当。投资公司以案涉当事人约定优于法定，请求案涉工程的结算应该按照双方的约定进行处理，不仅与其验收并且已经将案涉工程投入使用的行为相悖，且与上述鉴定结论不符。故投资公司的该项再审请求，本院不予支持。
（2）审计部门无正当理由长期未出审计结论、久审不结
案例：黄厚忠、郴州市发展投资集团有限公司建设工程施工合同纠纷案
• 审理法院：最高人民法院
• 案号：(2021)最高法民申49号
• 裁判观点：本案中当事人约定以审计部门的审计结论作为工程款结算依据的，应当按照约定处理。郴投公司于2014年1月7日向郴州市审计局出具《关于郴州市苏仙湖、王仙湖项目竣工结算报送审计的函》后，至黄厚忠2017年提起本案诉讼，郴州市审计局始终未作出审计结论，原审法院根据黄厚忠的申请，委托进行造价鉴定，并无不当。
（3）承包人拖延提交或不提交审计材料
在建设工程类案件中，承包人无故拖延提交或不提交审计材料的情况极为罕见，也没有相关案例予以佐证。但2019年重庆市高级人民法院在《关于建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第10问：“当事人请求以审计单位的审计意见作为确定工程造价依据的，如何处理？”中回复：“建设工程施工合同约定工程造价以审计意见为准，但审计单位未能出具审计意见的，人民法院应当对审计单位未能出具审计意见的原因进行审查，区分不同情形分别作出处理：（1）因承包人原因导致未能及时进行审计的，如承包人未按照约定报送审计所需的竣工结算资料等，承包人请求以申请建设工程造价鉴定的方式确定工程造价的，人民法院不予支持；……”可见，若承包人无故拖延提交或不提交审计材料，法院将不支持承包人申请鉴定的请求。
2. 政府审计结论已出具，但结论不客观、不真实导致无法采用
案例：鸡西市文体广电和旅游局、黑龙江富华建筑安装工程有限公司建设工程施工合同纠纷再审案
• 审理法院：最高人民法院
• 案号：（2019）最高法民申3864号
• 裁判观点：案涉《建设工程施工合同》专用条款第64.8条约定发包人对工程竣工结算的特殊要求为“竣工结算报鸡西市财政投资评审中心审核确定”。在案涉工程已经竣工验收后，富华公司按约定报送单方结算提交鸡西文旅局审核，但鸡西市财政评审中心多次出具评审意见，且数额相差较大。一审法院遂依照富华公司的请求委托司法鉴定，并以鉴定意见作为确定工程价款的依据。一审判决作出之后，鸡西文旅局以上述鉴定意见为蓝本报请鸡西市财政投资评审中心委托评审。二审中，鸡西文旅局将该次财政评审报告作为新证据予以提交。但鸡西文旅局委托评审时未履行与施工单位沟通反馈等评审程序且与之前提交的财政评审结论亦存在较大差距。二审法院对鸡西文旅局数次提交的财政评审报告的公正性、准确性、合理性及合法性产生质疑，认为案涉工程价款已不具备以财政评审作为结算的条件，进而采信了上述鉴定意见，并不缺乏理据。鸡西文旅局还主张对二审中提交的财政评审报告没有进行开庭审理，但二审法院组织各方当事人对该份财政评审报告进行了质证，并未剥夺当事人的质证及辩论权利，鸡西文旅局该项再审申请理由，不能成立。
合同约定以“政府审计结论”作为结算依据的构成要件及司法认定标准
在司法实践中，能否以“政府审计结论”作为工程价款结算依据，核心在于合同条款是否构成“明确约定”。结合最高人民法院的司法解释、地方高院的裁判规则及典型案例，此类“明确约定”需满足以下构成要件，并受到司法机关的严格审查与平衡裁量。
合同或招投标文件、补充协议等书面文件需明确载明以“政府审计结论”作为结算依据，且不得与其他结算条款冲突。这种载明并非简单提及，而是要做到详细且具体，避免后续因条款模糊而引发争议。在文件起草、审核以及定稿的全过程中，都应严格把关，确保各项结算相关条款之间逻辑连贯、相互协调，维持结算依据的权威性与一致性，以此保障整个合同、招投标流程以及补充协议执行过程中的公平公正与合规合法，避免产生因结算依据混乱而引发的争议。
双方约定审计条款时要确保该约定具备实际履行的可能性，具体要求包括：
（1）主体明确：合同应清晰界定负责审计的主体，是特定的政府审计机关，如当地的审计局，还是专业的第三方审计机构。明确审计主体的名称、资质要求等信息，能避免在审计环节出现主体争议。
例如，在（2019）最高法民申3864号案件中，案涉《建设工程施工合同》明确约定以鸡西市财政投资评审中心审定结论作为工程价款结算的依据，最终法院认为，双方已明确约定财政评审中心为审计主体，但因评审程序瑕疵（委托评审时未履行与施工单位沟通反馈等评审程序，且与之前提交的财政评审结论亦存在较大差距），最终未采纳财政评审结果。由此可见，合同应首先保证审计主体约定明确，但程序合法性也同样需保障。
而在（2012）民提字第205号案件中，分包合同约定“最终结算价按业主审计为准”，但未明确“业主审计”是否为国家审计。法院认为，该条款不能推定为国家审计，审计主体不明确，故审计结论不能作为结算依据。该案件就因审计主体约定不明确，而导致法院未采纳相关主张。
（2）内容具体：对审计所涵盖的范围和内容需详细罗列。不仅要明确是针对整个工程项目的造价审计，还是仅涉及部分工程款项、特定施工环节的审计。
例如，在（2018）最高法民终293号案件中，合同约定“合同价款以大同市财政评审中心审定金额为准”，并明确审计范围包括工程变更签证等全部费用。最高院认为，审计内容具体明确，但因发包人未及时送审，支持承包人通过司法鉴定结算。
而在（2019）粤01民终21324号案件中，合同约定“工程结算按原合同规定，以广州市财政投资评审中心审定为准”，但原合同未明确具体审计内容。法院认为，条款存在歧义，且为格式条款，故作出对提供方不利的解释，不支持以财政评审为准。
（3）程序清晰：详细规定审计启动的条件、流程以及时间节点等。明确在工程达到何种进度、提交哪些资料后可启动审计程序。
例如，在（2020）最高法民终630号案件中，合同约定“工程款以审计结果为准”，并约定“竣工后30日内提交资料，审计部门90日内出具报告”。因审计部门超期未完成，法院支持通过司法鉴定确定价款。
而在（2019）最高法民申1731号案件中，合同约定“以财政评审为准”，但未约定送审时间及流程。工程完工7年仍未完成评审，法院认定程序不清晰导致条件未成就，支持司法鉴定。
（4）责任明确：明确双方在审计过程中的权利和义务，以及审计结果出现争议时的处理责任。若因一方原因导致审计延迟或无法正常进行，需规定相应的违约责任。
例如，在（2014）粤高法民申字第1917号案件中，合同约定“发包人负责送审，逾期视为认可承包人报价”。因发包人怠于送审，法院直接采纳承包人提交的结算价。可见，在责任约定明确时，违约方将承担不利后果。
而在（2019）粤01民终2578号案件中，合同约定“以财政评审为准”，但未规定发包人拖延送审的责任。因财政评审程序受阻（工程未报批），法院认定条款无效，按双方确认的结算书支付。在本案中，因为双方责任约定不明确，导致无法追究违约责任。
司法实践中，法院对“明确约定”的审查遵循“尊重合意、平衡过错、保障公平”的原则，具体体现为以下规则：
若合同明确约定以“政府审计结论”作为结算依据，原则上应予支持。但若发包人恶意拖延审计（如拒收资料、消极配合）或审计部门无正当理由长期未出结论，法院可突破约定，通过司法鉴定或已确认的结算文件确定价款。
政府审计是一种行政监督手段，以行政定价强行介入民事经济关系，在实践中可能会严重损害施工单位的合法权益。因此，为了保障承包人合法权益，若审计条款为发包人提供的格式条款，且表述存在歧义时，法院会作出不利于提供方的解释。
审计结论需符合法定程序及客观性要求。若审计程序违法（如未通知承包人参与）、结论明显失实或多次矛盾，法院可排除其适用并委托司法鉴定。
若双方已通过结算协议、签证单等文件确认工程价款，即便合同约定以审计为准，法院亦优先采纳已达成一致的结论。
合同约定以“政府审计结论”为结算依据损害承包人利益时的权利救济
根据前文所述，建设工程施工合同中明确约定以“政府审计结论”作为结算依据的，发承包双方原则上应受此约束。然而，该条款将工程价款结算的决定权交由政府审计机关行使，可能导致承包人的合法权益受到损害，此类争议在实践中时有发生，因此承包方在权益受损之际可以选择适当的救济途径来维护自己的合法权益。
政府审计行为是一种行政监督活动，依据《审计法》及《审计法实施条例》，被审计单位对审计决定不服的，可依法申请行政复议、提起行政诉讼或提请审计机关的本级人民政府裁决。然而，现行法律未明确规定审计结论对其他建设工程参与方（如承包人）的救济途径。
实践中，法院对承包人是否具备提起行政复议或行政诉讼的主体资格存在分歧。例如，在重庆市万州建筑工程总公司与沐川县审计局审计决定二审案（案号：（2015）乐行终字第80号）中，乐山市中级人民法院认为，沐川县审计局作出的审计决定针对的是沐川县底堡学校，未对承包人重庆市万州建筑工程总公司的合法权益造成必然、直接的影响，故承包人与该审计决定不具有利害关系，不具备提起行政诉讼的主体资格。
然而，根据《行政复议法》第二条及《行政诉讼法》第二条的规定，公民、法人或其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，有权申请行政复议或提起行政诉讼。因此，承包人作为建设工程施工合同的主体，其取得工程款的具体额度直接受审计决定的影响，审计机关的拖延审计或程序违法均可能损害承包人的合法权益。在此情形下，承包人应被视为利害关系人，有权提起行政复议或行政诉讼。例如，在重庆勇创实业有限公司与重庆市北碚区审计局行政撤销二审案（案号：（2017）渝01行终110号）中，重庆市第一中级人民法院认为，审计报告对承包人的权利义务已产生实际影响，承包人有权对审计报告提起行政诉讼。
（二）对发包人提起民事诉讼或仲裁，必要时启动司法鉴定程序
若发承包双方约定以政府审计机关的审计结论作为结算依据，审计机关的审计结论应与合同约定的计价依据保持一致。若审计结论与合同约定不一致，损害承包人利益的，承包人可不予接受，并对发包人提起民事诉讼或仲裁，要求依据合同约定的计价依据进行结算。
根据《2015年全国民事审判工作会议纪要》的规定，合同约定以审计机关出具的审计意见作为工程价款结算依据的，应以真实有效的审计结论为准。若承包人能够证明审计意见存在不真实、不客观的情形，法院可准许通过补充鉴定、重新质证或补充质证等方式纠正审计意见的缺陷。若上述方法无法解决争议，法院应准许当事人申请对工程造价进行司法鉴定。
此外，《四川省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》亦指出，若政府审计部门的审计结论明确部分项目超出政府投资项目，但合同明确约定属于施工内容的，承包人主张支付工程价款的，应予支持。
综上可以看出，承包人在合同约定以“政府审计结论”为结算依据且其合法权益受到损害时，可通过对审计机关提起行政复议或行政诉讼，主张审计行为侵犯其合法权益或对发包人提起民事诉讼或仲裁，要求依据合同约定的计价依据进行结算，必要时申请司法鉴定以纠正审计意见的缺陷。通过上述救济途径，承包人可有效维护其合法权益，确保合同履行的公平性与合理性。
建设工程领域以“政府审计结论”作为结算依据的争议，本质是行政监督与民事合同自由的冲突与调和。通过梳理最高人民法院的司法解释及地方高级人民法院的系列规定、裁判规则及典型案例，本文揭示出司法实践的核心逻辑：合同约定是判定审计结论效力的基石，但必须以条款明确、内容可履行为前提。无论是招投标文件、补充协议，还是往来函件中的审计合意，均需与合同体系一致且无歧义，方能被认定为“明确约定”。司法机关在审查时，既严格尊重合同自治，又通过程序合法性审查、格式条款从严解释及当事人合意优先等规则，防范行政权力对民事关系的过度干预。
值得关注的是，当审计程序因发包人消极配合或审计部门久拖不决时，法院可突破合同约定，借助司法鉴定或已确认的结算文件定分止争，体现了对承包人实质公平的保护。此外，承包人在审计结论损害权益时，可通过行政复议、行政诉讼或民事诉讼等多元途径寻求救济，凸显了司法对弱势方的倾斜性保障。现行法律体系通过“尊重合意、平衡过错、保障公平”的多维框架，既维护了政府投资项目的财政监管需求，又确保了建设工程合同关系的稳定与公平。